色譜柱是裝填有固定相用以分離混合組分的柱管。多為金屬或玻璃制作。有直管形、盤管形、U形管等形狀。色譜柱是消耗品，會隨使用時間或進樣的次數增加，出現色譜峰高降低，峰寬加大或出現肩峰，柱效下降。
導致色譜柱性能下降的原因：
1.色譜柱破裂
熔融石英毛細管柱的聚酰亞胺涂層如有少許破裂它會斷裂，聚酰亞胺涂層保護著脆弱的熔融石英毛細管，柱箱連續地加熱和冷卻，柱箱風扇的震動，把色譜柱繞在圓形柱架上都會對毛細管造成應力，后在很小的弱點處會破裂，聚酰亞胺涂層形成的劃痕或磨損處會造成弱點，當利刃或薄片觸及毛細管時常會造成劃痕，色譜柱掛鉤和標簽、柱箱中的金屬邊緣、色譜柱切割器和實驗室實驗臺上各種類似的東西都是利刃或薄片的來源。
色譜柱自身破裂的情況很少，色譜柱制造業注意剔除任何有弱點的柱子，以免使色譜柱的性受到影響，大內徑柱更容易破裂。
2.熱損壞
超過色譜柱的溫度上限會造成色譜柱固定相和管表面的加速損壞，這樣會造成色譜柱的過量流失，活性組分形成拖尾，柱效降低。因此，在色譜柱明顯的損壞以前于溫度極限以上運行需較長時間，當有氧存在時會大大加速熱損壞，在有泄漏或過加熱加溫色譜柱會加速損壞并性損壞色譜柱。
設定GC的柱溫在色譜柱高溫極限或稍高于這一極限是避免熱損壞的方法，這樣可避免色譜柱意外的過熱，如果色譜柱受到熱損失，它仍然還會有一定的功能。把色譜柱從檢測器上卸下來，在極限的恒溫溫度下加熱8-16小時，把色譜柱接到檢測器的一端截去10-375px，按正常情況安裝色譜柱并進行老化。但是這一色譜柱不能恢復到原來的性能，可是常常仍具有一定的功能，在熱損壞之后色譜柱的壽命會縮短。
